Será en época de los Reyes Católicos cuando la ciudad inicie una recuperación política gracias al apoyo del Maestre de Santiago, don Alonso de Cárdenas, defensor de la causa de Isabel la Católica.

Su contribución a la Conquista y colonización americana, será numerosa y significativa. Según Navarro del Castillo salieron para Indias unas 210 personas, entre las que destacan dos capitanes de renombre en la conquista de Venezuela: Juan Rodríguez Suárez y Garci González de Silva.

Con la reorganización territorial de España, realizada por Felipe V en 1720, la ciudad fue nombrada capital de la Intendencia de Mérida.