A principio del siglo XIII en 1230, las tropas cristianas del rey Alfonso IX de León, reconquistarán Mérida y la convertirán en sede del Priorato de San Marcos de León de la Orden de Santiago.

La Encomienda de Mérida, también llamada Casas Buenas de Mérida, estaba constituida por la ciudad de Mérida, villa de Arroyo y parte de Puebla de la Calzada hasta que fue vendida a los condes de Montijo, junto con las aldeas situadas alrededor de la ciudad como Mirandilla, Aljucén, Carrascalejo, La Garrovilla, Calamonte, Trujillanos y San Pedro de Mérida. Después se fundó como aldea de la ciudad, Almendral de Mérida, independizada en 1536 con el nombre de Almendralejo.

Una vez reconquistadas las tierras emeritenses debería de haberse repuesto la sede episcopal más antigua de Hispania en la ciudad, pero debido a la negación de los obispos de Santiago de Compostela y Badajoz, y el incumplimiento de una orden papal del Vaticano, no se llegó a reponer.