La invasión francesa supondrá para Mérida, igual que para el resto de Extremadura, una lamentable pérdida de parte de su patrimonio histórico artístico, pero con el tiempo se recuperará de estas adversidades, y como cuenta con población abnegada, sabrá motorizar su futuro y poner velas de progreso a su desarrollo. En 1810 fue nombrada capital de la Prefectura de Guadiana y Guadajira.

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Extremadura. Desde 1834 cabecera y sede del Partido judicial de Mérida. En el censo de 1842 contaba con 986 hogares y 3780 vecinos.

Posteriormente, cambia la situación, ya que como nudo ferroviario de Mérida han convertido a la ciudad en un núcleo industrial y de comercio en alza. Un desarrollo que se vio definitivamente respaldado con la designación de Mérida, en 1983, como Capital de la Comunidad Autónoma de Extremadura.

Junto a esta preponderancia política e industrial, la ciudad ha despertado, y sigue despertando, un gran interés por parte de arqueólogos e instituciones nacionales, regionales y locales que se afanan en sacar a la luz la inmensa riqueza arqueológica que se continua descubriendo.

Estas circunstancias motivaron que el Conjunto Arqueológico Emeritense fuera declarado Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en diciembre de 1993. Anteriormente, la ciudad contaba con veinte monumentos nacionales y algunos en espera de obtenerla; y por Decreto de 8 de febrero de 1973, en vísperas de conmemorarse su Bimilenario, Mérida fue declarada "Conjunto Histórico-Arqueológico", única que ostenta esa denominación en España.