La ciudad fue fundada en el 25.a. C con el nombre de Colonia Iulia Augusta Emerita por orden de Octavio Augusto, convirtiéndose en la capital de la provincia romana de Lusitania.

Durante siglos y hasta la caída del Imperio Romano de Occidente, Mérida fue un importante centro jurídico, económico, militar y cultural, del que dan testimonio sus edificios:teatro, anfiteatro, circo, templos, puentes y acueductos, convirtiéndose en una de las más florecientes poblaciones romanas.

En el siglo VI fue capital del Reino Visigodo y por lo tanto de Hispania..Se arraiga la fe cristiana y aparece la figura de la Mártir Santa Eulalia, patrona y alcaldesa perpetua de la ciudad.

El caudillo árabe Muza conquistó la ciudad y se convirtió en la capital de la Cora de Mérida en el año 713.

En el siglo XIII, el rey Alfonso IX de León, reconquista Mérida y la convierte en sede del Priorato de San Marcos de León de la Orden de Santiago..

En 1720, bajo el mandato de Felipe V, la ciudad fue nombrada capital de la Intendencia de Mérida.

En 1810 fue nombrada capital de la Prefectura de Guadiana y Guadajira.

En 1983, es nombrada capital de la Comunidad Autónoma de Extremadura.

En 1993 la Unesco nombra Patrimonio de la Humanidad al Conjunto Arqueológico Emeritense.