Según la opinión más difundida y secundada, la ciudad fue fundada en el 25. a. C con el nombre de Colonia Iulia Augusta Emerita por el legado Publio Carisio, y orden de Octavio Augusto, para los soldados eméritos licenciados del ejército romano, de dos legiones veteranas de las Guerras Cántabras: : Legio V Alaudae y Legio X Gemina. El término emeritus significaba en latín "retirado" y se refería a los soldados licenciados con honor. Dichos militares se ubicarían en o cerca de un poblado prerromano o romano ya existente, pero en todo caso mezclados, puesto que Estrabón, III, cita expresamente a Mérida entre las ciudades "sinoicísticas", esto es, de población mixta indígena y romana. us ciudadanos romanos fueron adscritos a la tribu Papiria.

La ciudad fue la capital de la provincia romana de Lusitania. Se inicia así un periodo de gran esplendor del que dan testimonio sus magníficos edificios: el teatro, el anfiteatro, el circo, los templos, los puentes y acueductos.

Durante siglos y hasta la caída del Imperio Romano de Occidente, Mérida fue un importantísimo centro jurídico, económico, militar, cultural y una de las poblaciones más florecientes en época romana, que Ausonio catalogó en noveno lugar entre las más destacadas del Imperio (incluso por delante de Atenas) y en el siglo III se convirtió en la capital de la Diócesis Hispaniarum.